„Берлинска агентура“ ни го прикажува Даниел Милер, кој тукушто пристигнал во станицата на ЦИА во Берлин, Германија. Тој има мисија да го открие идентитетот на еден сега веќе познат „свиркач“, кој се претставува како Томас Шо.